PANGERAN Diponegoro ditangkap oleh Belanda usai bersembunyi ke hutan belantara di akhir peperangan Jawa. Pengawalan ketat pun terus dilakukan sejak sang pangeran masih berada di Pulau Jawa sebelum diasingkan.
Konon, sang pangeran sudah pasrah dan sadar ia akan diasingkan. Bahkan nana Ambon yang sempat muncul dalam perbincangan dengan seorang kolonel Belanda coba ditanyakan Pangeran Diponegoro ke pengawalnya. Tepat pada 5 April 1830, rombongan pangeran yang terdiri dari 19 orang itu masuk Pelabuhan Tanjung Mas Semarang.
Sang pangeran sebagaimana dicatatkan pada buku "Takdir Riwayat Pangeran Diponegoro 1785 - 1855" tulisan Peter Carey sempat meminum sebotol air zamzam dari Mekkah, yang diberikan kepadanya di Magelang oleh seorang haji yang baru pulang dari tanah suci Mekkah. Air zamzam ini juga untuk obat sang pangeran yang sebenarnya ingin diberi kesempatan untuk pergi ke Tanah Suci Mekkah terlebih dahulu.
Dari Semarang, Pangeran Diponegoro dibawa ke Batavia dan ditahan di ruang tahanan polisi di ruang bawah dimana Kiai Mojo dan rombongannya tak lama sebelumnya juga ditahan di situ selama satu tahun. Dari sana sang pangeran kemudian dibawa ke Manado dengan kondisi yang memburuk. Tampak pemimpin Perang Jawa ini tulang pipinya agak cekung, akibat serangan malaria yang masih ia derita dan terus begitu sepanjang perjalanannya ke Manado.
Sementara Johannes Van dengan Bosch yang berada di Bogor, tengah berdiskusi dengan beberapa orang berdasarkan laporan pribadi mengenai Pangeran Diponegoro yang diberikan pengawal. Dari sana hukuman apa yang pantas diberikan ke sang pangeran disusun.
Keputusan akhir semua usulan untuk mengizinkan pangeran tetap berada di Pulau Jawa ditolak, sang pangeran diganti dengan hukuman pengasingan seumur hidup. Hal ini disebut demi "kedamaian" Pulau Jawa Diponegoro harus diperlakukan sebagai tahanan negara.
Pada akhirnya Sang Pangeran Diponegoro benar-benar diasingkan dengan dikirim menggunakan kapal ke Manado. Setidaknya ada 50 serdadu yang ditugaskan mengawal Pangeran Diponegoro dalam pelayaran dengan kapal ke Manado. Begitu juga ketika tiba nanti di tujuan residen wajib menyediakan pasukan dalam jumlah yang cukup, untuk memastikan pangeran tidak bakal kabur.
Karena statusnya sebagai tahanan negara, status kebangsawanannya dan tingkat pelanggarannya sang pangeran diberikan uang sebanyak 600 gulden. Uang itu digunakan sebagai tunjangan bulanan sebagaimana yang diterima Sultan Hamengkubuwana II saat diasingkan di Ambon pada tahun 1817 - 1825.
